Výskum na Ústave molekulárnej biológie je zameraný na základný a aplikovaný výskum v oblasti molekulárnej biológie, bunkovej biológie, mikrobiológie a bioinformatiky a to predovšetkým v nasledujúcich oblastiach:
Štúdium mitochondriálnej proteolýzy, homeostázy, apoptózy a fosforylácie, štruktúra a funkcia ľudských a kvasinkových mitochondriálnych proteínov
In silico štúdium škrobových hydroláz a príbuzných amylolytických enzýmov s cieľom objasňovať vzťahy medzi ich štruktúrou, funkciou a evolúciou.
Štúdium molekulových dejov v ľudských imunitných bunkách s cieľom poskytnúť prostriedky, ako ich pri rôznych ochoreniach opätovne uviesť do rovnováhy.
Štúdium fyziologickej a patologickej regulácie transportérov glycínu a ?-aminobutyrovej kyseliny (GABA) v centrálnom nervovom systéme.
Štúdium štruktúry a funkcie ľudského srdcového ryanodínového receptora (hRyR2), ktorého dysfunkcia je asociovaná so srdcovými arytmiami, a priemyselne významných ezýmov využívaných v biosenzoroch.
Bioinformatický výskum zameraný na štúdium regulácií génov v prokaryotoch a bioinformatické služby.
Štúdium biologických funkcií bateriofágov a ich proteínov.
Štúdium bunkovej diferenciácie a regulácie sekundárneho metabolizmu v streptomycétach.
Štúdium mikrobiálnych kultúr v tradičných potravinárskych výrobkoch a ochrana umeleckých diel pred biodeterioračnými účinkami mikroorganizmov.
Skúmame enzýmové antioxidanty(odstraňujúce RONS) najmä z mikrobiálnych zdrojov pre využitie v medicíne i pri ochrane životného prostredia. Uskutočňujeme rozsiahle fylogenetické analýzy biodiverzity.
Štúdium mechanizmov biologických účinkov včelích produktov v procese hojenia rán a tvorbe nového tkaniva.
Štúdium programovanej bunkovej smrti, bunkového delenia a diferenciácie baktérií.
Biologia (séria C) publikuje vedecké články v oblasti bunkovej a molekulárnej biológie. Pokrýva mikrobiálne, rastlinné a živočíšne vedy a zahŕňa biochémiu, bunkovú a molekulárnu biológiu, genomiku, proteomiku a bioionformatiku.
EMBnet (The Global Bioinformatics Network) je medzinárodná organizácia, ktorá pozostáva z národných a špecializovaných uzlov, ktoré zabezpečujú podporu bioinformatických služieb v rámci Európy i celého sveta.